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馬偕醫學院於2009年3月30日立案申請通過並於同年開始招生。98學年度成立醫學系與護理學系，100學年度增設聽力暨語言治療學系及生物醫學研究所，106學年度增設高齡福祉科技研究所及生醫所博士班成立，107學年度聽力暨語言治療研究所及長期照護碩士在職專班獲准成立，並於112學年度獲准成立視光學系及護理碩士班，目前共計有四系三所及全人教育中心，並依據社會發展需求與中程校務發展計畫，持續針對新興專業申設新系所，以擴大學校規模。 馬偕醫學院期待能以延續馬偕精神和培養兼具愛心與服務熱忱之明日良醫與優秀護理人員、同時提升醫學人文教育及增進學習效能、均衡醫療資源並照顧弱勢族群、擴展國際觀與協助醫療外交為日後推動教學業務之圭臬。期許將馬偕博士「寧願燒盡，不願銹壞」之精神延續傳承下去。